Typescript에서 tsd 파일 없이 외부 JS 라이브러리를 사용할 수 있다.
대표적으로 jQuery

Cytoscape의 경우에도 관련 패키지들을 Bower로 받을 수 있다.
https://libraries.io/bower/cytoscape
https://libraries.io/bower/cytoscape.js-navigator
등등..

요 글에 대해서는 한번더 살펴봐야겠다.
How to include Cytoscape.js Extension Cytoscape-qtip into an Ember App

** 본문 중 일부 발췌

You must follow the instructions for registering the extension and its dependencies exactly as specified in the readme:

For CommonJS (e.g. npm+browserify or npm+webpack):

var cytoscape = require('cytoscape');
var jquery = require('jquery');
var cyqtip = require('cytoscape-qtip');

cyqtip( cytoscape, jquery ); // register extension

For ES6 style (any tooling that supports ES6):

import cytoscape from 'cytoscape';
import jquery from 'jquery';
import cyqtip from 'cytoscape-qtip';

cyqtip( cytoscape, jquery ); // register extension

The lines are pretty much identical either way.

외부 라이브러리 사용에 관한
관련 자료 스크랩

How use an external non-typescript library from typescript without .d.ts?

Include External JavaScript Libraries In An Angular 2 TypeScript Project

Why doesn’t type-script support referencing javascript files?

아래 링크의 맨하단에

Working with Other JavaScript Libraries

Importing untyped JS modules #3019